4) Correction du mouvement

a) Pourquoi?

L'objectif est de corriger les artefacts dûs aux mouvements de la tête du sujet, inévitables pendant une acquisition qui peut durer longtemps.
Le principe est de prendre dans chaque série une image de référence et de recaler les autres images par rapport à cette images de référence.
Ce recalage peut se faire de deux façons avec SPM2 :

- A l'intérieur de chaque série acquise.

- Entre les différentes séries acquises pour un même sujet

b) Quand?

Si l'on est en mode séquentiel, il faut commencer par corriger le mouvement et après effectuer un Slice Timing.
Si l'on est en mode entrelacé, il faut faire l'inverse.

c) Comment?

Le recalage s'effectue en deux étapes :

-Une étape "coregister" : une matrice 3x3 est calculée pour chaque image, elle contient la transformation à effecuer.

-Une étape "reslice" : La transformation calculée précédamment est appliquée aux images

1) Cliquer sur "Réalign" dans le menu déroulant en haut à gauche.

2) "Number of subject" : rentrer le nombre de sujets à recaler.

3) "Number of sessions" : rentrer le nombre de session pour chaque sujet

4) Donner ensuite les images à recaler, l'image numérotée 1 servira d'image de référence.

5) Dans le menu déroulant suivant, choisir "Coregister only"

6) Laisser SPM2 travailler (Etape très difficile...)

7) Admirer les graphiques de réalignement.

On peut passer maintenant à l'étape d'écriture des images recalées ("Reslice").
Pour savoir quelles images calculer, se reporter aux graphiques des déroulement des étapes, détaillés dans le préambule de l'étape 2.
Ainsi par exemple dans le cas du mode entrelacé :

-Si l'on veut travailler avec de images normalisées dans un repère commun, il ne faut pas faire de "Reslice". L'étape de normalisation se chargera de prendre en compte la matrice calculée dans l'étape précédente ("Coregister").

-Si l'on veut travailler avec des images non normalisées, il faut passer par l'étape "Reslice".

Si l'on est en mode séquentiel, il faut absolument passer par l'étape de "Reslice".

Voici comment on procède pour réaliser cette opération :

1) On reclique sur "Realign" comme indiqué dans l'image précédente.

2) On rentre le nombre de sujets, puis le nombre de sessions.

3) On séléctionne les images à modifier.

4) Choisir ensuite l'option "Reslice only" dans le menu déroulant.

5) Choisir suivant les cas l'option "All image + mean image" qui créé tous les volumes recalés plus le volume moyen ou "Mean image only" qui créé seulement le volume moyen.

6) Après le traitement, on peut s'apercevoir que SPM2 a créé d'autres images recalées (même nom avec un "r" en plus) et le volume moyen de recalage (fichiers commençant par "mean").